Le pont est construit de 1905 à 1908 par l’entreprise de Ferdinand Arnodin, suivant un dessin conçu en 1896 par le commandant du Génie Albert Gisclard. Ce dernier décéda le 31 octobre 1909 dans un accident ferroviaire, au cours d’essais de charge, qui coûta la vie à cinq autres personnes. C’est ainsi que le pont portera le nom de son concepteur.
Le tronçon reliant Villefranche-de-Conflent à Mont-Louis fut finalement inauguré le 18 juillet 1910.
Le 11 avril 1995, la Stèle commémorative du Commandant Gisclard, commémorant l’accident de 1909, est inscrite au titre des monuments historiques alors que le pont lui-même est classé le 29 avril 1971.
En 2009, pour fêter ses 100 ans, le pont a été repeint par l’entreprise Atlantic Littoral Peinture basée à Donnezac en Gironde. Afin d’éviter la dispersion des particules de plomb et de minium présentes dans les anciennes couches de peinture, le pont a été emmailloté.