El municipio de Fontpédrouse comprende tres pueblos diferentes: el pueblo de Fontpédrouse, la aldea de Prats-Balaguer y la aldea de Saint-Thomas. Esta última ha dado nombre a famosas fuentes termales de aguas sulfurosas ubicadas en las tierras altas.
Fontpédrouse se encuentra en las gargantas del Têt, bajo la carretera que pasa por debajo de la estación.