La commune de Fontpédrouse englobe trois villages distincts : le village de Fontpédrouse, le hameau de Prats-Balaguer et le hameau de Saint-Thomas. Ce dernier a donné son nom à de fameuses sources d’eaux chaudes sulfureuses situées dans la nature en hauteur.
Fontpédrouse est situé dans les gorges de la Têt, en contre bas de la route en dessous de la gare.