El municipi de Fontpedrosa inclou tres pobles diferenciats: el poble de Fontpedrosa, el llogaret de Prats-Balaguer i el llogaret de Sant Tomàs. Aquest últim va donar nom a famoses fonts d’aigua calenta sulfurosa situades a la natura en alçada.
Fontpedrosa es troba als congosts de Tet, sota la carretera sota l’estació.